ツイートに書いた不具合が Freetile のバグなのか、それとも単に実行タイミングが間違っているだけなのかは依然不明だが、とりあえず筆者が書いたスクリプトを転記しておく。

var is_run = false;
$(window).load(function() {
    if ($(window).width() >= 768) {
        runFreetile();
    }
    $(window).resize(runFreetile);
});

function runFreetile() {
    if (!is_run) {
        $('.freetile').freetile({
            animate : 'true',
            elementDelay : 100
        });
        is_run = true;
    }
}